الصيد الجائر: في بعض المناطق، يتم استهداف الخفافيش بسبب الاعتقادات الخاطئة بأنها تؤذي المحاصيل أو تنقل الأمراض.
فقدان الموائل الطبيعية: التوسع العمراني والزراعة المكثفة أدت إلى تدمير العديد من الأشجار المثمرة التي يعتمد عليها خفاش الفاكهة في غذائه.
التلوث البيئي: استخدام المبيدات الحشرية وتلوث الهواء والمياه يؤثر سلبًا على الفواكه والنباتات التي يعتمد عليها خفاش الفاكهة، مما يؤثر على أعداده.
